在河道清淤公司施工中，业主多以沿海疏浚工程和水利疏浚工程的定额标准为准招标，导致许多环保疏浚工程预算偏低。当前，我国环保疏浚工程单方均价一般在10元左右，有的疏浚单位甚至低于成本价中标。与荷兰、日本等发达国家相比，环保疏浚工程一立方米平均单价一般在100元左右。市场失灵，让有决心、有资金、有能力的施工单位受到了一定程度的挤压和冲击，给疏浚业的发展带来了巨大的挑战。
另外一个与农村河道清淤有关的问题是淤泥的处理。以往农村河道普遍存在着“挖河泥”的冬季作业，而且挖出的河泥经过腐烂后用作肥料的习惯，很自然地解决了淤泥流向的问题。如今由于乡镇企业的发展，使部分农村河道受到了工业废水排放的污染，同时农村生活方式的变化，也使一些小工业废料、生活垃圾弃置在河里。水源涵养力下降，水土流失面积减少，流域用水入不敷出。坚硬的驳岸使得水流速度加快，地下水转化率降低，导致部分湖泊枯竭，干涸的河流干涸，北京五六十年代的地下水有效补给占地表径流总量的60%，现在只有10%的地表径流转化为地下水。
